Evaluarea externă a testului RT-PCR pentru detectarea SARS-CoV-2 relevă 10 neajunsuri științifice esențiale la nivel molecular și metodologic: Consecințe pentru rezultate fals pozitive.
Stimate cititor, astăzi vom începe cu un citat al prof. Albert Einstein, (dintr-o emisiune radio pentru United Jewish Appeal, 11 aprilie 1943):
„Căutarea adevărului și cunoașterii este unul dintre cele mai frumoase lucruri de care este capabilă o persoană, chiar dacă mândria în această căutare este în cea mai mare parte pe buzele celor care sunt cel mai puțin plini de astfel de căutări”.
Lumea este alături de aproape un an Pandemie de coroană angajat. S-au luat foarte multe măsuri pentru a controla situația. Noi, la echipa DTT Science-Tank, nu am abordat niciodată subiectul pandemiei coroanei. Motivul este destul de simplu. Pentru a-ți forma o opinie științifică asupra unui subiect, ai nevoie de o dispută sănătoasă și respectuoasă, în special în domeniul științei. Oamenii de știință buni au făcut întotdeauna asta. Dacă te uiți doar la istoria fizicii cuantice și la diferitele lupte legendare dintre oamenii de știință, vei afla cum funcționează știința. Din păcate a avut loc în prezent Criza coroanei Abia obosit de o dispută adecvată, până acum.
Este de la sine înțeles că baza diverselor măsuri ale guvernelor este Teste PCR reprezintă.
Lucrarea publicată la începutul anului 2019: Detectarea noului coronavirus 2019 (2019-nCoV) prin RT-PCR în timp real - de găsit aici (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)
autori:
Victor M Corman, Olfert Landt, Marco Kaiser, Richard Molenkamp4, Adam Meijer, Daniel KW Chu6, Tobias Bleicker1, Sebastian Brünink, Julia Schneider, Marie Luisa Schmidt1, Daphne GJC Mulders4, Bart L Haagmans, Bas van der Veer, Sharon van den Brink , Lisa Wijsman, Gabriel Goderski, Jean-Louis Romette, Joanna Ellis, Maria Zambon, Malik Peiris, Herman Goossens, Chantal Reusken, Marion PG Koopmans, Christian Drosten
este cunoscut. A fost și este probabil încă considerat principalul factor declanșator pentru implementarea Teste PCR.
Fără a intra în detaliile lucrării, am vrea să intrăm într-una Raport de revizuire a atrage atentia:
Sursa imaginii: Pixabay
Evaluarea externă a testului RTPCR pentru detectarea SARS-CoV-2 relevă 10 defecte științifice majore la nivel molecular și metodologic: consecințe pentru rezultate fals pozitive - de găsit aici (https://cormandrostenreview.com/report/)
Autori:
Pieter Borger, Bobby Rajesh Malhotra, Michael Yeadon, Clare Crai, Kevin McKernan, Klaus Steger, Paul McSheehy, Lidiya Angelova, Fabio Franchi, Thomas Binder, Henrik Ullrich, Makoto Ohashi, Stefano Scoglio, Marjolein Doesburg-van Kleffens, Dorothea Gilbert, Rainer Klement, Ruth Schruefer, berberul W. Pieksma, Jan Bonte, Bruno H. Dalle Carbonare, Kevin P. Corbett, Ulrike Kämmerer
Articolul este despre traducerea punctelor esențiale ale recenziei în limba germană: Sursa (https://cormandrostenreview.com/report/):
Evaluarea externă a testului RT-PCR pentru detectarea SARS-CoV-2 relevă 10 neajunsuri științifice esențiale la nivel molecular și metodologic: Consecințe pentru rezultate fals pozitive.
În publicația intitulată „Detectarea noului coronavirus 2019 (2019-nCoV) prin RT-PCR în timp real„(Eurosurveillance 25 (8) 2020) autorii furnizează un flux de lucru de diagnostic și protocolul RT-qPCR pentru detectarea și diagnosticarea 2019-nCoV (acum cunoscut sub numele de SARS-CoV2) despre care susțin că este validat și oferă o metodologie de diagnostic robustă pentru utilizare în laboratoarele de sănătate publică. Având în vedere consecințele acestei publicații pentru societățile din întreaga lume, un grup de cercetători independenți a efectuat o revizuire punct cu punct a publicației de mai sus, în care
1) toate componentele proiectului de test prezentat au fost verificate încrucișat,
2) Recomandări de protocol RT-qPCR au fost evaluate pentru bune practici de laborator
și
3) parametrii au fost examinați utilizând literatura științifică relevantă din domeniu.
A fost publicat Protocolul RT-qPCR pentru detectarea și diagnosticarea 2019-nCoV și manuscrisul prezintă numeroase erori tehnice și științifice, inclusiv un design inadecvat al primerului, unul problematic și inadecvat Protocolul RT-qPCR și lipsa unui exact Validarea testului. Nici testul prezentat, nici manuscrisul în sine nu îndeplinesc cerințele pentru o publicație științifică acceptabilă. În plus, conflictele de interese grave ale autorilor nu sunt menționate. În cele din urmă, perioada foarte scurtă de timp dintre trimiterea și acceptarea publicației (24 de ore) sugerează că este sistematic Procesul de evaluare inter pares aici fie nu s-a realizat, fie este de o calitate slab problematică. Oferim dovezi convingătoare ale mai multor inadecvări științifice, Defecte și defecte.
Având în vedere deficiențele științifice și metodologice prezentate aici, suntem încrezători că redacția din Eurosurveghere nu are de ales decât să publice a retrage.
CATALOG REZUMAT AL DEFECȚELOR GĂSITE ÎN HÂRTIE
Actual: Hârtie Corman-Drosten conține următoarele erori specifice:
1. Nu există niciun motiv specificat pentru utilizarea acestor concentrații extrem de mari de primeri în acest protocol. Concentrațiile descrise conduc la creșterea legării nespecifice și a amplificărilor produsului PCR, ceea ce face ca testul să nu fie adecvat ca instrument de diagnostic specific pentru detectarea virusului SARS-CoV-2.
2. Șase poziții nespecificate, oscilante, au ca rezultat o variabilitate extraordinară în implementările de laborator ale acestui test din lumea reală; descrierea nespecifică confuză din lucrarea Corman-Drosten nu este potrivită ca protocol standard de lucru, ceea ce face ca testul să nu fie adecvat ca instrument de diagnostic specific pentru identificarea virusului SARS-CoV-2.
3. Testul nu poate distinge între întregul virus și fragmente virale. Prin urmare, testul nu poate fi utilizat ca instrument de diagnosticare pentru viruși intacti (infecțioși), ceea ce înseamnă că testul nu este adecvat ca instrument de diagnostic specific pentru identificarea virusului SARS-CoV-2 și permite să se tragă concluzii cu privire la prezența unui virus infecţie.
4. O diferență de 10 ° C în raport cu temperatura de recoacere Tm pentru perechea de grund 1 (RdRp_SARSr_F și RdRp_SARSr_R) face, de asemenea, testul nepotrivit ca instrument de diagnostic specific pentru identificarea virusului SARS-CoV-2.
5. O eroare fatală este lipsa unei valori Ct la care un eșantion este considerat pozitiv și negativ. Această valoare Ct nu este de asemenea găsită în aplicațiile ulterioare, ceea ce face ca testul să nu fie adecvat ca instrument specific de diagnosticare pentru detectarea virusului SARS-CoV-2.
6. Produsele PCR nu au fost validate la nivel molecular. Acest fapt face protocolul inutilizabil ca instrument specific de diagnosticare pentru detectarea virusului SARS-CoV-2.
7. Testul PCR nu conține un control pozitiv neechivoc pentru a evalua specificitatea acestuia pentru SARS-CoV-2 și nici un control negativ pentru a exclude prezența altor coronavirusuri, ceea ce face din test un instrument de diagnostic specific pentru identificarea SARS-CoV-2 Virusul este inadecvat.
8. Designul testului din hârtia Corman-Drosten este atât de vag și defect, încât se poate merge în zeci de direcții diferite; nimic nu este standardizat și nu există SOP. Acest lucru pune la îndoială validitatea științifică a testului și îl face nepotrivit ca instrument specific de diagnostic pentru identificarea virusului SARS-CoV-2.
9. Cel mai probabil, lucrarea Corman-Drosten nu a fost evaluată de către colegi, ceea ce face ca testul să nu fie adecvat ca instrument de diagnostic specific pentru identificarea virusului SARS-CoV-2.
10. Găsim conflicte de interese grave la cel puțin patru autori, pe lângă faptul că doi dintre autorii lucrării Corman-Drosten (Christian Drosten și Chantal Reusken) sunt membri ai redacției Eurosurveillance. Un conflict de interese a fost adăugat la 29 iulie 2020 (Olfert Landt este director general al TIB-Molbiol; Marco Kaiser este cercetător principal la GenExpress și servește ca consilier științific pentru TIB-Molbiol), care nu a fost declarat în versiunea originală (și în versiunea PubMed încă lipsește); TIB-Molbiol este compania care a fost „prima” care a produs truse PCR (Light Mix) pe baza protocolului publicat în manuscrisul Corman-Drosten și, după cuvintele sale, a vândut aceste truse de testare PCR chiar înainte de publicare [20] ]; în plus, Victor Corman și Christian Drosten nu au menționat a doua lor afiliere: laboratorul de testare comercială „Labor Berlin”. Ambii sunt responsabili pentru diagnosticarea virusului acolo [21], iar compania este activă în domeniul testelor PCR în timp real.
CONCLUZIE
Decizia cu privire la protocoalele de testare care vor fi publicate și făcute accesibile în general rămâne în mâinile Eurosurveillance. O decizie de a recunoaște erorile care sunt evidente în studiul Corman-Drosten are avantajul că costurile și suferința oamenilor vor fi mult reduse în viitor.
Nu este în interesul Eurosurveillance să retragă această lucrare? Concluzia noastră este clară. Având în vedere toate defectele și defectele extraordinare de proiectare a protocolului PCR descrise aici, concluzionăm că nu mai există multă alegere în cadrul integrității și responsabilității științifice.
CREDENȚIALI
[1] Corman Victor M, Landt Olfert, Kaiser Marco, Molenkamp Richard, Meijer Adam, Chu Daniel KW, Bleicker Tobias, Brünink Sebastian, Schneider Julia, Schmidt Marie Luisa, Mulders Daphne GJC, Haagmans Bart L, van der Veer Bas, van den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peiris Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. Detectarea noului coronavirus 2019 (2019-nCoV) prin RT-PCR în timp real. Euro Surveill. 2020; 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
[2] Comunicare prin e-mail între Dr. Peter Borger și Dr. Adam Meijer: Material suplimentar
[3] Jafaar și colab., Corelația între 3790 reacția în lanț cantitativă a polimerazei - eșantioane pozitive și culturi celulare pozitive, inclusiv izolate coronavirus 1941 din sindromul respirator acut sever din 2. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603
[4] BBC, 21 ianuarie 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Arhiva: https://archive.is/0qRmZ
[5] Google Analytics - COVID19-decese la nivel mondial: https://bit.ly/3fndemJ
Arhiva: https://archive.is/PpqEE
[6] Testarea de laborator pentru Centrul tehnic de intervenție în caz de urgență COVID-19, NIVD sub
China CDC 15 martie 2020: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf
[7] Manualul PCR în timp real Tehnologii de viață: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Nolan T, Huggett J, Sanchez E. Ghid de bune practici pentru aplicarea PCR cantitativă (qPCR) Prima ediție 2013
[8] Trestan Pillonel și colab., Scrisoare către editor: detectarea SARS-CoV-2 prin RT-PCR în timp real: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/
[9] Kurkela, Satu și David WG Brown. „Tehnici de diagnostic molecular”. Medicină 38.10
(2009): 535-540.
[10] Wolfel și colab., Evaluarea virologică a pacienților spitalizați cu COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x
[11] Thermofischer Primer Dimer Web Tool: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html
[12] Primer-BLAST, NCBI - Centrul Național pentru Informații despre Biotehnologie: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
[13] Marra MA, Steven JMJ, Caroline RA, Robert AH, Angela BW și colab. (2003) Știință. Secvența genomică a coronavirusului asociat SARS. Science 300 (5624): 1399-1404.
[14] Sindromul respirator acut sever coronavirus 2 izolează Wuhan-Hu-1, genom complet: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
[15] Borger P. Se aștepta un Coronavirus asemănător SARS, dar nu s-a făcut nimic pentru a fi pregătit. La J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared; Arhivă: https://archive.is/i76Hu
[16] Procesul de evaluare / revizuire a hârtiei Eurosurveillance: https://www.eurosurveillance.org/evaluation
[17] Recomandarea oficială a protocolului și manuscrisului Corman-Drosten de către OMS, publicată pe 13 ianuarie 2020 ca versiunea 1.0 a documentului: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -test-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH
[18] Recomandarea oficială a OMS pentru protocolul Corman / Drosten RT-qPCR, care derivă direct din publicația Eurosurveillance, versiunea documentului 2-1, publicată pe
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2
[19] Comitetul editorial Eurosurveillance, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; Arhivă: https://bit.ly/2TqXBjX
[20] Instrucțiuni de utilizare LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions, 11 ianuarie 2020: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .pdf
Arhivă, marcaj de timp - 11 ianuarie 2020: https://archive.is/Vulo5; Arhiva: https://bit.ly/3fm9bXH [21] Christian Drosten și Victor Corman, responsabili pentru diagnosticul viral la Labor Berlin:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/ Arhivă: https://archive.is/CDEUG
[22] Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan Culturi virale pentru evaluarea infectivității COVID-19. Revizuirea sistematică. Revizuire sistematică doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932-XNUMX-XNUMX-XNUMX https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4
[23] Kim și colab., The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062
[24] Răspunsul ECDC către Dr. Peter Borger, 18 noiembrie 2020: Material suplimentar
[25] Prof. Dr. Ulrike Kämmerer și echipa, sondajul și masa Primer-BLAST